20世纪80年代到90年代，随着改革的深入，团的组织建设面临一些新情况和新问题：如团的基层组织设置尚未适应所有制结构的变化、产业结构的调整、生产经营方式的多样化；种类新经济组织的崛起和非公有制企业的迅速发展，而团建工作相对滞后；对大批在产业间转移和地区间流动的团员、青年，需要有新的办法进行管理等。针对这些实际情况，团的十三届三中全会通过的“关于加强团的建设若干问题的决定”指出：要把巩固现在的基层组织，适时调整团的基层组织设置，抓紧在新的经济组织中建团，解决对流动团员的管理，作为当前加强团的基层组织建设的重要内容和方针。
   （1）巩固所有的基层组织。把工作重点放在整顿和建设好部分工作不够活跃，特别是处于松散瘫痪状况的基层团支部上。在整顿的基础上，通过服务青年、开展活动，巩固和发展取得新的成果。
   （2）调整部分团的基层组织设置。要遵循有利于党组织加强对团组织领导，有利于团组织在经济建设中发挥作用，有利于团组织服务、联系青年，有利于健全团的组织管理和系统领导的原则，按照青年生产、经营、学习、生活等组合方式和流向变化，因地制宜、积极稳妥地进行。
   （3）加强在新经济组织发展团的工作。城市团组织要在各类经济开发区和高新科技团区以及包括外商投资、合资企业、股份制企业、私营企业等非公有制企业和个体企业比较集中的集市、协会中抓紧团的组织建设。
   （4）根据青年劳动力在行业、区域间的流动的趋势，把外来青工作为团的工作对象的一部分，主动承担教育管理、开展工作。